Sino Biological | 新冠病毒變變變 不可不知Omicron的突變

Sino Biological | 新冠病毒變變變 不可不知Omicron的突變

2022.01.03

 

 

關於Omicron

 

Omicron1124日在南非被分離出來,經過分析Omicron突變株的Spike蛋白尤其是ACE2受體結合域(RBD)存在多個關鍵抗原表位的氨基酸突變,突變數量遠超過先前的突變株。

 

Omicron Spike蛋白上有超過30個突變,RBD的突變位點更高達15個,與之相比,DeltaRBD只有2個突變(圖一) 


圖一、Omicron(上)和Delta(下)的突變分佈圖:Stanford University冠狀病毒數據庫

 

世界衛生組織20211126日將該突變株認定為第五種“受關切變種”(Variant of ConcernVOC),並命名為Omicron突變株,引起了全球科研機構、疫苗、抗體、診斷試劑企業,以及公眾的廣泛關注。


 

人類可能更容易感染Omicron

 

l 英國COVID基因組聯盟(GOG-UK)公佈的最新研究顯示,Omicron突變株S蛋白的32個突變部位中,至少有3個與其傳染性增強有關。

 

l 美國華盛頓大學流行病副教授Trevor Bedford指出,通過分析南非的DeltaOmicron流行病學數據,結合模型推算Omicron突變株的傳播係數約為3-3.5,幾乎是Delta2-3倍。

 

l WHO在新聞發佈會上透露,Omicron已經迅速蔓延至38個國家和地區,且正在南非迅速傳播並逐漸取代Delta成為南非的主要流行毒株。

 

l 近日軍事醫學科學院的研究團隊在《Zoonoses》期刊發表熱點評述,認為Spike蛋白和RBD的突變會影響病毒傳染性,也極易影響疫苗有效性。 Omicron突變株RBD15個突變,是Delta5倍以上。 Omicron Spike蛋白30多個突變位點及缺失,與中和抗體識別有關,或可導致更容易感染人體,降低疫苗有效性。


 

Omicron對抗體藥及疫苗開發的影響

 

目前Omicron對疫苗和抗體藥影響的報導非常有限,但很多科學工作者紛紛預測其可能會存在免疫逃逸,並對現有抗體藥物及疫苗產生影響。

 

l 南非研究人員指出,Omicron突變體很可能會逃避此前感染建立的免疫屏障而造成二次感染。

 

l 哈佛大學科研人員近期在《科學》雜誌上發表的文章指出Omicron突變體存在與逃避抗體相關的突變,意味著Omicron可能存在免疫逃逸。

 

基於此,全球的科研人員正在全力分析Omicron突變株的免疫逃逸能力,例如病毒學家Penny Moore研究團隊正在構建假病(pseudovirus)顆粒,利用Spike蛋白感染細胞,從體外測試中和或阻斷病毒的能力;南非的研究團隊也在利用傳染性新冠病毒對免疫逃逸進行類似的測試。這些研究對於開發Omicron突變株中和抗體和疫苗具有極其重要的意義。

 

由於Omicron突變位點多,且有已上市的疫苗或藥物對Omicron突變株的保護效力也是亟需評估的。目前,輝瑞正與病毒學家Pei-Yong Shi合作,確定其疫苗對Omicron突變株的效應。此外莫德納已宣佈啟動對Omicron的疫苗開發計劃mRNA-1273.529,將在60-90天內推進到臨床階段。


 

參考文獻

1. https://www.dailymail.co.uk/news/article-10274871/Omicron-spread-easily-strains-contains-piece-common-cold-virus.html

2. https://osf.io/f7txy/

3. Schmidt, F. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 (2021).

4. How bad is Omicron? What scientists know so far. Nature.

5. https://doi.org/10.1093/abt/tbaa028

6. https://investors.modernatx.com/news-releases/news-release-details/moderna-announces-strategy-address-omicron-b11529-sars-cov-2

7. Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa

技術文章、素材及產品轉載自Sino Biogical

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產品驗證數據

 

1.  Omicron N Protein (His Tag)

Cat: 40588-V07E34

突變位點包含P13L, E31del, R32del, S33del, R203K, G204R

 

HPLC檢測結果:蛋白純度>99.8%

 B.1.1.529(Omicron)N蛋白(貨號:40588-V07E34,批號:ME15DE0701),純度經HPLC驗證,純度>99.8%

 

2. Omicron S1+S2 trimer Protein ( ECD, His Tag)

Cat: 40589-V08H26

突變包含:A67V, HV69-70 deletion, T95I, G142D, VYY143-145 deletion, N211 deletion, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, F817P, N856K, A892P, A899P, A942P, Q954H, N969K, L981F, K986P, V987P and furin cleavage site mutants

 

HPLC檢測結果:蛋白純度>99%

B.1.1.529(Omicron)三聚體蛋白(貨號:40589-V08H26,批號:MA15DE0601),純度經HPLC驗證,純度>99%

 

SEC-MALS檢測結果:蛋白純度>99%

B.1.1.529(Omicron)三聚體蛋白(貨號:40589-V08H26,批號:MA15DE0601),純度及分子量經SEC-MALS驗證,純度>99%,分子量約480kDa-550kDa

 

ELISA檢測:與ACE2的結合活性

Omicron S1+S2 trimerACE2(Cat: 10108-H05H)結合,EC50=4-15 ng/mL

 

3. Omicron Spike RBD Protein (His Tag)

Cat: 40592-V08H121

主要為RBD結合部位的突變,包含G339DS371LS373PS375FK417NN440KG446SS477NT478KE484AQ493RG496SQ498RN501YY505H

 

HPLC檢測結果:蛋白純度>99.67%

 

ELISA檢測:與ACE2的結合活性

Omicron RBD蛋白與ACE2(Cat:10108-H05H)結合,EC50=3-10ng/mL

 

4. Spike Antibody, Omicron Reactive, Mouse Mab

Cat:40592-MM117

可辨認OmicronSpike抗原

選擇4株中和抗體檢測與Omicron
RBD
重組蛋白的結合能力。其中兩株為ACE2競爭中和抗體(貨號:40150-D00140591-MM43),已驗證其能阻斷AlphaBetaGammaDelta突變株RBD重組蛋白與ACE2的結合;另兩株為非ACE2競爭中和抗體(貨號:40592-MM11740592-R505)

結果發現:

l 40592-MM117抗體可同時識別OmicronDelta
RBD
重組蛋白。

l ACE2競爭的2株抗體,以及另1株非ACE2競爭的抗體,能辨識Delta,但不能辨識Omicron

 

ELISA檢測SARS-CoV-2突變株的結合活性

 

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